Bên cạnh cuộc nổi dậy cộng sản chính tại Malaysia bán đảo, một cuộc nổi dậy khác diễn ra tại Sarawak trên đảo Borneo.[7] Giống như những đồng chí Đảng Cộng sản Malaya của mình, Tổ chức Cộng sản Sarawak (SCO) hoặc Tổ chức Cộng sản bí mật (CCO) chủ yếu do người Hoa chi phối song cũng bao gồm những người ủng hộ thuộc dân tộc Dayak.[1] Tuy nhiên, Tổ chức Cộng sản Sarawak nhận được ít sự ủng hộ từ dân tộc Mã Lai và các dân tộc bản địa tại Sarawak. Ở đỉnh cao, Tổ chức Cộng sản Sarawak có 24.000 thành viên.[8] Trong thập niên 1940, chủ nghĩa Mao được truyền bá trong những trường học Hoa ngữ tại Sarawak. Sau Chiến tranh thế giới thứ hai, ảnh hưởng của chủ nghĩa cộng sản cũng thâm nhập phong trào lao động, thương đoàn, truyền thông Hoa ngữ và Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak (SUPP) thành lập vào năm 1959 do người Hoa chi phối.[9]

Mục tiêu của những người cộng sản tại Sarawak là nhằm giành quyền tự chủ và độc lập cho thuộc địa, và nhằm thiết lập một xã hội cộng sản. Tổ chức Cộng sản hoạt động thông qua các hình thức hợp pháp và bí mật nhằm truyền bá tư tưởng cộng sản. Chiến thuật của họ là nhằm thiết lập một "mặt trận liên hiệp" với các nhóm cánh tả và chống thực dân khác tại Sarawak để đạt được mục tiêu độc lập cho thuộc địa từ Anh Quốc. Theo sử gia người Úc Vernon L. Porritt, hoạt động đầu tiên của Tổ chức Cộng sản Sarawak được biết đến là cuộc tấn công chợ Batu Kitang vào ngày 5 tháng 8 năm 1952. Nhằm phản ứng, chính phủ thuộc địa Sarawak phê chuẩn thêm kinh phí cho các biện pháp an ninh, tăng cường lực lượng an ninh, và ban hành pháp luật nhằm giải quyết an ninh nội bộ. Những người cộng sản Sarawak cũng phản đối việc thành lập Liên bang Malaysia, tình cảm này tương đồng với Đảng Cộng sản Indonesia, Đảng Nhân dân Brunei của A.M. Azahari, và Đảng Nhân dân Liên hiệp Sarawak.[10]